，经历数场大战，平定了叛乱。平乱之后，达延汗将右翼三万户分封给自己的子孙，从此，右翼的喀喇沁部也成为了黄金家族的世袭领地和属民。
这一时期，喀喇沁部已经从鄂尔多斯地区迁出，驻牧于宣府张家口独石口边外，并逐渐向东深入到了兀良哈三卫的驻牧地域。
后来兀良哈中的朵颜卫在其首领带领下举部归附喀喇沁部，奉喀喇沁部首领为自己的领袖。
到了林丹汗时期，后金崛起，明朝进一步衰弱，而林丹汗妄想武力兼并统一漠南各部，结果导致漠南各部纷纷归附后金。
喀喇沁部地处右翼蒙古的前沿，以前与林丹汗素来有矛盾，双方矛盾一触即发，喀喇沁部此后多次遭遇林丹汗的数次进攻，好几次兵力林丹汗调兵十万以上，最终喀喇沁部族军大部溃散，一部分逃入明边内躲避，一部分被林丹汗俘虏。
喀喇沁黄金家族首领和所拥有的人口因大多在察哈尔的兼并战争中被杀被虏而所剩无几。喀喇沁内的兀良哈人所属部民没有参加艾不哈之战，在长昂子色棱和孙苏布地塔布囊率领下归附后金，因而保存了实力，他们不久之后便参加了后金对林丹汗的战争。
原来幸免于难的喀喇沁部黄金家族台吉和部民大部分被后金编入蒙古八旗而分离出去。这样，色棱和苏布地塔布囊就继续沿用了原宗主部“喀喇沁”这一名称。
喀喇沁部领导权由黄金家族彻底转入到兀良哈人手中，兀良哈人成为喀喇沁部的新领主。这也标志着新的喀喇沁部落是由兀良哈人为主体重新组成的。
“这么说，如今的这些喀喇沁人，已经不是真正的喀喇沁人，也不再是黄金家族统领了。”刘钧对于喀喇沁部很上心，因为他新设立的燕北省，如今就是喀喇沁人的地盘。
“如今的喀喇沁部，实际上是兀良哈人。”
兀良哈，明初时又称朵颜三卫
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