将们所需的军饷，也归在各部门进行统筹，而不像以前那样，粗放的一锅烩，那样不但矛盾多而且容易出现失误，现如今各自都有各自的军需仓库，各种物资都进行细化管理，一是可以减少海陆两军之间的矛盾，二是提高效率，另外还可以减少浪费。
至于军需生产方面，两个后勤部下面各有专门的军需工厂，按照预算和订单进行生产，于孝天也更容易对这些部分进行管理。
另外于孝天还要求各部门从以前粗放式管理，开始转入到更精细化的管理之中，并且从崇祯三年开始，对各部门实行预算管理。
各部门以前都是想要什么，临时提出申请，临时报批，但是在崇祯三年之后，对于扩兵和练兵以及各种装备，都要做到提前预算，并且提交议事堂进行讨论定编，然后各部门都按照预算进行执行，省的那些家伙们一时心血来潮乱拍脑袋决定，这对于海狼的各种费用支出的压力相对减轻了许多，让理事堂方面不至于临时抱佛脚，总是被搞得手忙脚乱。
对此理事堂方面的人举双手双脚欢迎这样的改变，一旦再有军将乱吵吵说给他们的配给少的时候，理事堂便直接丢出预算，把他们砸的没话可说。
还有就是为了使得两军的行动更有目的性，避免出现乱来的情况，于孝天还抽调出了一批精干人员，组成了总参谋部，和海陆两军参谋部，总参谋部主要负责对整体布局进行统筹安排，而海陆两军参谋部则根据总参谋部给出的大的方向，进行细致的安排。
另外如果遇上特殊的大规模军事或者开发行动，于孝天可以直接下令单列出一笔预算外开支，不计入原来的预算之中，如果需要两军配合行动的话，则由总参谋部直接进行筹划，并且出面协调两军，海陆两军根据总参谋部的指令，配合行动，省的两军的主将们看着对方不顺眼，相互使绊子导致贻误战机或者出现配合失误。
现
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