因素的交互作用，某些病毒性传染病的流行不仅未能得到有效控制，反而更加猖獗。如甲、乙、丙型肝炎、艾滋病、流行性感冒和多种肠道病毒病的流行情况依然十分严重。此外许多结果表明病毒与恶性肿瘤和多种慢性疾病的发生密切相关。
同时，由于病毒也能引起家禽、家畜、野生动物、农作物、林木果类及其它许多经济动物、植物和微生物的疾病，因而给人类的经济活动、生态环境造成极大的危害。进行分子病毒学的学习，就是要充分认识病毒的特性基础上，从分子水平上阐明病毒基因和产物结构与功能之间的关系，揭示病毒的致病机理和本质，为最终控制病毒性疾病的流行提供重要的理论基础和科学依据。
其次，由于某些病毒也能侵袭那些对人类有害的生物，所以可以成为生物防治的重要手段。如利用噬菌体对细菌的裂解作用来治疗霍乱、痢疾和伤寒等疾病；利用昆虫病毒来防治有害昆虫等。
最后，由于病毒是目前已知结构最为简单的生命单位，基于它在细胞外的相对简单性和细胞内的病毒与宿主细胞之间相互作用的复杂性的突出特点，由此成为分子生物学研究复制、信息传递、突变以及其它分子生物学问题的理想对象。利用分子生物学方法进行研究，其结果不仅促进了病毒学的研究，反过来对分子生物学的发展也起到巨大的推动作用。总之分子病毒学在各个自然科学交叉渗透、互为促进的今天，它的研究和发展无论是在阐明更多的现代生物学的重大课题方面；还是在促进生物技术发展方面都有十分重要的作用。
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