缴纳商税的凭证，通常是每次进出货物时开具一次，意味着商家已经交税。
其实，明代的时候商税并不是朝廷税收的主题，与前面的朝代一样，它施行的也是以包括户税和丁税的田税为主要税收，以包括关税和市税的商税为辅助税收的税收制度。
田税为主商税为辅的税收制度与社会生产水平的高低密不可分，因为古代最重要的生产资料是田地，可谓是农业经济为主的时代，故而田税就成为了支撑社会经济的支柱。
这种以田税为主的税收制度形成于西周及春秋战国时期，秦汉时期已渐趋完备，魏、晋、南北朝和隋唐时期在均田的基础上不断改革完善。
到了宋、元、明、清时期随着均田制的破坏，土地兼并之风日盛，在不断清丈田亩、整理地籍的基础上，逐步实现地、户、丁税的合并征收，并加强商税和盐、茶、酒等货物税的征收制度，从而使得商税与货物课税成为国家财政收入的重要来源。
大明立国后，洪武皇帝由于出身贫苦，所以实行了让利于民的商业政策，商税制度非常简约。
大明商税的征收机构为各地的课税司局，朝廷虽然对课税司局有规定限额，但不务求增加，洪武帝认为：“税有定额，若以恢办为能，是剥削下民，失吏职也。”
因此，对那些没有完成定额的税课司局只核实而不问罪。
与此同时，征税的方法因为对像不同而有着差异：
对行商、坐贾贩卖的各类手工业品一般估算货物的价值，从价计征；对竹木柴薪之类，实行抽分；对河泊所产，徵收鱼课。
征税方式有本色，有折色，一般多以钞、钱缴纳。
大明的税率很低，通常为三十税一，也就是三十件货品征收一件货品当税，而且免税的范围极广，凡嫁娶丧祭之物，自织布帛、农器、食物及既税之物，车船运自己的物品
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