十六年二月初一，郑勋睿以南京兵部尚书的名义，在兵部召集了诸多的官吏，宣布他对南京六部、都察院、大理寺、国子监以及锦衣卫、南京京营等的调整方案。
南京京营裁撤，其所拥有的官田，全部收归应天府衙，南京京营的三万军士，采用逐步裁减的方式进行整合，其原来所有的军营，直接划拨给郑家军作为军营，南京锦衣卫裁撤，所有的锦衣卫，一律遣送到京城去安置。
南京六部、都察院以及大理寺、国子监等机构，进行大规模的调整，所有的主官几乎都进行了调整。
郑勋睿依旧兼任南京兵部尚书，周延儒出任南京吏部尚书，徐望华出任南京户部尚书，杨廷枢出任南京礼部尚书，郑锦宏兼任南京刑部尚书，甘学阔出任南京工部尚书。
文震亨出任都察院左都御史，陈于泰出任国子监祭酒。
梁兴力出任大理寺卿。
文坤出任陕西巡抚，赵单羽出任浙江巡抚，李岩出任四川巡抚，徐吉匡出任湖广巡抚，马祝葵出任山东巡抚。
曹驰出任漕运总督。
吴伟业出任应天府尹，原应天府尹林宗辉出任南京兵部左侍郎。
熊文灿出任户部左侍郎。
裁撤应天巡抚、凤阳巡抚、登莱巡抚等职务，浙江、山东、湖广、四川、陕西等地，设置一个巡抚，以巡抚为最高长官，统领全省民生事物，巡抚归南京六部统一管辖，代表南京六部管辖本地的各级官吏，四品以下官吏可酌情调整，报备南京六部，四品以上官员需呈报南京六部批准，方可调整。
各地设置的洪门钱庄以及洪门等机构，全部由南京六部统一管辖，为直属机构，地方不得干预其正常业务，地方官府对洪门钱庄以及洪门有监督和弹劾之权力，且可以提出来处理之建议，南京六部在安排洪门以及钱庄诸多事情之时，需要征求各地巡抚、总督和府尹之
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