哪里。另外一边寻找自己的身世，因为主角没有父亲。
第二条主线，就是消灭游戏里面最大的反派势力，学院。
它们的罪行就是生产合成人，取代真实人类。
很多人莫名其妙地消失了，然后被合成人取而代之。
这游戏里面有很多派系，但所有派系都和学院为敌，这是魔鬼，是要彻底颠覆整个世界的恶魔。
这和辐射4里面的学院不一样。
这款《末日》里面的学院，里面已经没有真人了，全部都是合成人。
所以其他派系之间只是为了争权夺利。
而和学院之间的战争，就代表着人类的存亡。
而这游戏里面的学院，无比之强大。
主角的使命，就是寻找母亲的过程中，寻找学院的地点，寻找学院的真相。
最后……
他揭穿了真相。
这个学院是来自于未来的一个人工智能女娲穿越时空建立。
她深知人类的劣根性，痛恨人类的贪婪。
所以创造了全新的合成人。
而一旦合成人彻底掌控这个世界，就代表着人类的彻底灭亡。
所以这一场战争是文明之战。
是种族之战。
代表着人类生死存亡之战。
最终，主角带着废土的人类联军，攻入了学院总部。
找到了所有合成人的母亲，女娲。
这是一颗大树形状的超级计算机，但是无数的树叶，又组成了一张美丽的女娲面孔。
主角用核弹摧毁了女娲。
所有合成人之母女娲，彻底粉身碎骨。
然而，这个时候主角的身份真正揭露。
在核弹的火光中。
女娲幻化出了主角母亲的模样。
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