王等议：坐光先斩。上以光先老，贷其死，遣回籍，道卒。刑部议，明坐奏事不实，当杖流。上命笞四十，释之。”汤若望则复封号，视原品赐恤，封号原为“通玄教师”，因圣祖名玄烨，避讳改玄为微。
这一冤狱的平反，在杨光先、吴明一系的旧派，自有刺骨之恨。随时谋求报复，亦在意中。方氏父子被诬，可能即为旧派对新派的一种报复。
按：清初畴人，首称“南王北薛”，南王为吴江王锡阐、北薛为山东薛凤祚，俱通中西之学，与新旧两派皆有交往。纯属旧派者，常州龚士燕，康熙六年应募入京，为旧派钦天监官所引重，康熙八年“定用西法而古历卒不行”，因于后二年“以疾归”，实为锻羽而归。
方中通则纯为新派，其学出自穆尼阁、汤若望。穆尼阁其人，不如汤若望、南怀仁知名，非研究天主教史者，不能道其生平，今于刘声木《苌楚斋随笔》卷四中得一条：
“顺治间，泰西教士穆尼阁寄寓南京，喜与人谈算学，并不招人入耶稣教。”方中通的算学，得自穆尼阁，而历法则由汤若望所授。汤若望且曾授历法于方以智。两代世交，渊源不浅，有诗为证。
方中通《陪集》中《陪诗》卷二，有五律一首，题为《与西洋汤道未先生论历法》。道未即汤若望的别号。诗云：
“千年逢午会，百道尽文明。（原注：依邵子元会运世推算，正逢午会，万法当明。）汉法推平子，唐僧重一行。（原注：先生崇祯时，已入中国，所刊历法故名《崇祯历书》。与家君交最善，家君亦精天学，出世后，绝口不谈。）有书何异域，好学总同情。因感先生意，中怀日夕倾。（原注：予所得穆先生火星法最捷，故相质论。）”
按：此诗当做于汤若望罢官以后、未死之前，计其当在康熙五年至七年之间。旧派历家方以排去汤若望为快意，而方中通与汤若望有所交游，其为遭
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