后，郑芝龙决议扶持尚丰继位，成为新的琉球王，不过尚丰要想名正言顺，还需要得到大明朝廷册封。
萨摩藩被灭，天草义军横行九州四国，倭国方面很长时间内都无暇顾及到琉球，琉球国的安全暂时没有问题，也就没有必要留兵驻守。于是平定琉球之后，带着尚丰王的万分感激，郑芝龙率领船队返回大明，随行的还有尚丰王派出的使者，任务是去北京请求大明皇帝册封尚丰为新的琉球王。
考虑到琉球国优越的地理位置，回到大明之后，郑芝龙向茅良哲提议，建议在琉球设立一处商馆，负责在琉球的贸易。琉球本岛方圆数百里，土地还算肥沃，再加上深处海洋雨量充沛，很是适合种植甘蔗，商行可以在琉球开设甘蔗园，用甘蔗制糖，形成规模之后每年也能赚不少银子。
茅良哲仔细想后，觉得郑芝龙说的很对。
琉球国虽然地小国狭，位置却十分重要，还是有一定价值的。在琉球设立商馆，以后可以移民屯垦种植甘蔗，经营一段时间能获得利润后便可以派驻一支军队，这对控制东北洋贸易十分重要。
不过事关藩属国，茅良哲也无权决定此事，便写下奏疏送往北京，请皇帝亲自决断。
此刻，李彦直率领水师围剿海盗去了，倭国的事情已经传回福建，闻听手下船队被皇家海贸商行全灭，福州、福宁商帮的士绅们简直要疯了，林锐和吴煌等人整日咒骂郑芝龙、茅良哲。
哪怕对富可敌国的他们，数百万两银子的损失，也是无比的大，简直不可承受的损失。只是损失一些银两也就罢了，更重要的是船队没了，经验丰富的水手也没了，再加上福建水师在海上的威胁，以后他们再想出海贸易也是千难万难。
然而愤怒归愤怒，他们一时间也没有办法，他们虽然在朝野势力庞大，但倭国的事情毕竟无法摆上台面。除了在货源上拿捏皇家海贸商行，断绝商行
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