天书被神主夺取之前，玄门一直是某种，类似传统文化学术委员会一类的存在。这些人所求的只是像玄女那样飞升，对统治天下并没有什么兴趣，因此玄门也不是什么强制机构，更像是每几年聚会一次，大家一起参悟玄女天书的读书会。
也因为天书太过奥妙，一开始便按照九部玄女天书分了九个读书小组，而且招募弟子也特地选那些悟性资质极佳，有可能参悟天书的天才。平时还有玄门长辈定期组织五艺考核，考教鞭策年轻一辈对天书的解读和掌握，这才有了九大玄门的雏形。
到后来自然而然得会有对天书解读的分歧，于是又衍生出许多旁支门派，但大家都拜玄女，修玄女天书正宗仙道，自然也就自成一玄门系，人多了，辈分高了，规矩大了，而且这些精英确实够强，玄门也就逐渐成了天下不可忽视的强大势力。
再到后来又出了神主和神教抢夺玄女天书的波澜，玄门几次联合同神教夺书，就逐渐形成了九大玄门的领导框架。
理论上来说，玄门各派是平等地位，只要加入玄门都可以在天书大会上发言，争取他派的支持。不过如今峨嵋这样的巨擘，同某些被灭门到只剩三两只余孽，只有背黑锅的时候才时不时被人提起来缅怀一下的门派相比，实力差距确实是客观存在的，所以也不存在绝对的平等。
所以一般处于玄门领导地位的，是由天书大会上推选出的，九个最强门派。这九大派组成常任理事会一类的机构。
由这九大派的掌门，以及九大派核心长老及弟子，来商议决定玄门的各项方针和战略，组织弟子应劫，五艺考核评比，各种洞天福地资源分配，协调镇压讨伐天魔妖怪，应对仙宫和神教集团的竞争等等。
如今的九大派就是峨嵋山，衡山，嵩山，茅山，霍桐山，王屋山，丹霞山，麻姑山和蓬莱山。
当然玄门底下还有像青城山，太乙山，
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