相当多的人选择继续抵抗，其中以镶黄旗、正黄旗和正白旗这上三旗的八旗民户的抵抗最为顽强。
每一幢房屋都成为他们的防御工事，每一块石头都成为他们的弹药，但凡一息尚存，连老人、女人和尚未成年的男童女童都成为了兵丁，坚决反抗，绝不投降，俨然不可征服。
为了攻克这上三旗的居住地，兰芳士兵有了一些损失，轻兵突破不利。
颜维星眼见如此，遂下令集中全部火力，将所有抵抗者杀死，一个不留。
从二月初八晚上到二月初九下午，兰芳军队先是调动火炮对上三旗驻地进行狂轰滥炸，炸到二月初九上午，几乎已经看不到抵抗者的存在了，才派遣步军进入扫尾。
最后的结果当然是注定的。
血肉之躯挡不住火枪与火炮，凶猛的炮击几乎把上三旗居住地夷平，入目所见没有一幢完整的房屋，到处都是破碎的尸体。
战后，根据兰芳统计，整个战斗期间，被枪打死、被炮炸死的旗人数量不下四万，城内尸积如山、血流成河。
激烈的抵抗无以为继之时，又有数千旗人不堪折辱，不愿接受失败，遂在绝望之中要求家人和自己一起自尽，全家殉清。
或自刎，或上吊。
如此激烈的对抗结束之后，城内活下来的旗人彻底丧胆，被兰芳的凶悍武力征服，失去了继续抵抗的勇气。
他们纷纷抛弃武器，跪在地上祈求投降，再不抵抗。
战前，差不多三十万旗人被用各种方式迁入城中、城外的军事据点内进行坚壁清野。
战后，一共二十六万多人跪地乞降，放弃抵抗。
颜维星勒令他们交出兵器，并按照所属旗籍交出花名册，安排人进行点名，数人头，确定具体的投降人数，接着又派遣士兵挨家挨户搜索，看看有没有漏网之鱼。
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