朱元璋为了克服元朝民生艰难、政府高度腐败、百姓所受压迫巨大、中央政府权威涣散、政策得不到坚决贯彻等一系列的弊端，采取了一系列加强皇权、集权改革政制的措施。
一方面，朱元璋在中央政府的机构设置中废除了大权在握的丞相，设立协助皇帝处理政务的秘书班子(即殿阁大学士)——这就是明朝内阁制的雏形。内阁制到明成祖时基本成型，之后权力渐重，如到宣宗时授内阁大学士票拟权，到宪宗时形成内阁首辅。总之，经过明朝几代皇帝的努力，内阁制变得日益完善与成熟，再后来，它被英国人学习，最终形成了现代意义上的内阁制与首相制。几百年前完全照搬了明朝内阁制的日本人甚至直到今天也在实行很典型的内阁制治理。
另一方面，朱元璋对各级地方政府的权力也给予了分解。比如省级地方大权就改由新设置的承宣布政使司、提刑按察使司、都指挥使司三个机构来分掌行政、司法、军事这三项权力，而且这三个地位平等的机构互不统辖，都单独向中央负责——这就避免了地方官员由大权独揽渐至割据一方，与中央分庭抗礼的可能。应该说，当今西方国家现代意义上的立法、司法、行政三权分立制度多少都受到了朱元璋这一分权制度的思想启发。
军队方面，朱元璋把中央的大都督府分解为左、中、右、前、后共计五个都督府，五军都督府分掌全国军事力量的管理与训练，而调兵权则由兵部掌握。在地方上，则建立了一整套完备的卫所制、军户制(及明中后期出现的募兵制)。朱元璋通过建立这一系列的军事制度把军权牢牢控制在了皇帝的手上，由此，明朝的军队也自始至终保持了强劲的向心力和战斗力。（虽说在明朝后期变了质，但的确不可否认其作用）当今现代国家的军事制度也多可见明朝军事制度优良性的遗留。
为巩固皇权，为了国家的长治久安，朱元璋还设置了世界上第一个情
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