民起义，这些卫所就担起了维持稳定的重担。
如果说卫所制度一直能够保持明初法制完善、军纪严明的状态，那对于明政府来说可以说是一件幸事。可是事情的发展却往往并不以人的意志为转移，哪能一切都遂人心愿呢?
因为卫所制度本身就具有天然的缺陷。卫所的兵员一共有从征、归附、谪发、垛集四种来源方式。前两种因为是建国之初组织的倒还好，后两种却有很大的问题。因为他们都是被迫征兵入伍的，本身是不愿意的。参军以后就要离开自己的故土，到一个完全陌生的地方，有可能这辈子就再也回不了家乡了，这对于安土重迁的古人来说是完全不能接受的。因此很多人就在前往卫所的路上逃走了，那么这些卫所就得不到足够的兵员补充。
《清军议》中这么记载：“故人有怀土之思，不能固守其新业。于是乎逃亡者十常八九”。
除了卫所制本身的缺陷以外，在执行的过程中也发生了偏差。
据《明实录》记载：“中外都司卫所官，惟故肥己，征差则卖富差贫，征办则以一科十。或占纳月钱，或私役买卖，或以科需扣其月粮，或指操备减其布絮，衣食既窘，遂致逃亡”。
这些负责管理卫所的官员产生了腐败行为，他们从中克扣士兵们的钱粮衣物，导致有些人吃不饱、穿不暖。连基本的生活都得不到保障，还要随时做好上前线打仗的准备，很多人受不了就一跑了之。
可以说从卫所制建立的那天开始，它就一直在面临着挑战，各种各样的问题层出不穷。等到明英宗在位时期，明朝跟北方的瓦剌军队打了一场硬仗，结果很惨，败得一塌糊涂，甚至连明英宗本人也被敌人给捉走了。这就是历史上有名的“土木堡之变”。
通过土木堡之变，说明了卫所制下练出来的军队实在是不堪一击。这次失败刺激了很多人，使得他们开始思考这个帝国的
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