裕遂留其十二岁的儿子刘义真以及王修、王镇恶、沈田子等文武共守长安，自己统军南归。刘裕此举，为夏主赫连勃勃的谋臣王买德窥破心迹。在刘裕南归不久后，赫连勃勃派军南断青泥，东扼潼关，率大军进攻长安。
在此时，留守长安的晋朝文武发生内讧，沈田子杀王镇恶，王修杀沈田子，刘义真复杀王修。刘裕得到消息，惊恐不已，急令朱龄石镇守长安，命刘义真速回。刘义真和将士大掠财宝美女，车载南还，为夏军追及。朱龄石阵亡，刘义真单骑逃逸。长安虽得而复失，良将劲兵损失颇多，但收复之地并未损失多少，潼关以东收复的部分关中之地和整个河南地区仍然得到刘裕的重兵扼守。经过两次北伐，黄河以南、淮水以北以及汉水上游的大片地区，为刘裕据有。
称帝建宋
巨大的军功，使刘裕在朝廷的地位显赫无比。义熙十四年(418年)，刘裕接受相国、总百揆、扬州牧的官职，以十郡建“宋国”，受封为宋公，并受九锡殊礼。同年十二月戊寅日(419年1月28日)，刘裕指派王韶之缢杀晋安帝，立其弟司马德文为帝，即晋恭帝。
元熙元年(419年)，刘裕进爵为宋王，宋国又加十郡增益，使宋国包括了二十郡。同年末，刘裕又获加皇帝规格的十二旒冕、天子旌旗等一系列殊礼。
元熙二年(420年)六月丁卯日(7月10日)，刘裕代晋称帝，东晋灭亡。他改国号为“宋”，改元永初。
同年，由于先前林邑借晋末乱局屡屡侵扰交州，刘裕命交州刺史杜慧度派兵万人南征林邑，大军深入林邑国(今越南南部)境内，歼灭了林邑国的大半士兵，痛击林邑，林邑请降，并向宋廷致送大象、金银、古贝等礼物。次年，林邑王遣使到宋廷入贡，并获刘裕册封。
即位之后，刘裕以司马氏为前车之鉴，刘裕削弱强藩，集权中央。有鉴于荆州屡为
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